Nhiều nhà máy xử lý lấy nước thô từ sông, hồ và hồ chứa để sản xuất nước uống công cộng sử dụng các công nghệ lọc thông thường. Lọc trực tiếp, thường được sử dụng để xử lý nước có hàm lượng hạt thấp, bao gồm đông máu và lọc nhưng không lắng đọng. Các quy trình lọc phổ biến khác bao gồm bộ lọc cát chậm, bộ lọc đất diatomaceous và màng sẽ loại bỏ 99% Cryptosporidium. [8] Màng lọc và các sản phẩm túi lọc và hộp lọc đặc biệt sẽ loại bỏ Cryptosporidium.

Cryptosporidium có khả năng kháng khử trùng clo cao; [9] nhưng với nồng độ và thời gian tiếp xúc đủ cao, việc khử hoạt tính Cryptosporidium sẽ xảy ra khi xử lý bằng clo và ozone. Nói chung, nồng độ clo cần thiết ngăn chặn việc sử dụng khử trùng clo như một phương pháp đáng tin cậy để kiểm soát Cryptosporidium trong nước uống. Điều trị bằng tia cực tím ở liều tương đối thấp sẽ làm bất hoạt Cryptosporidium. Nghiên cứu do Calgon Carbon Corp tài trợ ban đầu đã phát hiện ra hiệu quả của UV trong việc làm bất hoạt Cryptosporidium. [10] [11]

Một trong những thách thức lớn nhất trong việc xác định ổ dịch là khả năng xác minh kết quả trong phòng thí nghiệm. Các tế bào trứng có thể được nhìn thấy bằng cách kiểm tra bằng kính hiển vi các mẫu phân, nhưng chúng có thể bị nhầm lẫn với các vật thể hoặc tạo tác khác có hình dạng tương tự. [12] Hầu hết các loại Crypto có kích thước 3M6, mặc dù một số báo cáo đã mô tả các tế bào lớn hơn. [12]

Đối với người tiêu dùng cuối cùng của nước uống được cho là bị nhiễm Cryptosporidium, lựa chọn an toàn nhất là đun sôi tất cả nước dùng để uống.